sebnem2

Yrd. Doç. Dr. Şebnem EŞSİZ


İletişim:

Tel:            0212 533 6532 / 1437
e-mail:      sebnem.gokhan@khas.edu.tr

Ofis:          D-317


Eğitim:

logo.dik.tr Lisans: Koç Üniversitesi – Kimya Bölümü (2002)
pittsburgh

Doktora:

 

Pittsburgh Üniversitesi – Biyofiziksel Kimya Bölümü (2009)
Danışman: Prof. Rob D. Coalson

Lab Üyeleri:

IMG_0961- Sevilay Güleşen

- Büşra Savaş

- Burak Servili

- Melis Gencel

Eski Lab Üyeleri:

- İrem Kara
- Umutcan Unaldı
- Muhammed Aktolun
- Ayhan Demir
- Fatma Alnemsi
- Meral Ayan


-


Akademik Deneyim:

ucsf 2 Doktora Sonrası: California Üniversitesi, San Francisco – Biyomühendislik ve Terapi Bilimleri Bölümü (2009-2010)
Danışman:
Prof. Andrej Šali
llnl 2 Doktora Sonrası: Lawrence Livermore National Lab -Biyoloji Bilimleri ve Biyoteknoloji Birimi (2011-2012)
kadir has Yrd. Doç. Dr: Kadir Has Üniversitesi Biyoinformatik ve Genetik Bölümü (2012- halen)

Araştırma konuları

o   İyon kanalı prPicture1oteinleri, sinir hücresi GABA reseptörleri
o   Genetik algoritma ile protein homoloji modellemesi
o   Etkin rigid-body protein simulasyon teknikleri
o   Langevin ve moleküler dinamik, normal mod analizi

 


Güncel Projeler:

tubitak TÜBİTAK-1001 115S387  “Potansiyel Antifungal Ve Antikonvülsan Etkili Yeni Azol Bileşikleri: Moleküler Modelleme, Sentez Ve Biyolojik Aktivite Çalışmaları” Araştırmacı. Bütçe: 126,993 TL (2016-2018)
tubitak TÜBİTAK-3501 114Z867 The working mechanism for NMDA type receptors and the interaction with open ion channel inhibitors”. Yürütücü. Bütçe: 164,930 TL (2015-2018)
llnl 2 ABD Enerji Bakanlığı LLNL Grant #12-SI-004. Biyoloji Bilimleri ve Biyoteknoloji Birimi, LLNL, CA, ABD. “Agonist and antagonist binding on Gamma-Aminobutyric acid(GABA) receptors. Free energy analysis of carbonic anhydrase binding site biomimetic. Acetylcholine Estarase Docking Studies.” Araştırmacı. (2011 – 2012)

Güncel Yayınlar:

- Sarı S., Kart D., Öztürk N., Kaynak F.B., Gencel M., Taşkor G., Karakurt A., Saraç S., Essiz Ş., Vural İ., Dalkara S. “Discovery of new azoles with potent activity against Candida spp. and Candida albicans biofilms through virtual screening”, Eur J Med Chem. 2019 Jun 29; DOI: 10.1016/j.ejmech.2019.06.083

- Burmaoglu S., Ozcan S., Balcioglu S., Gencel M., Noma S.A.A., Essiz S., Ates B., Algul O. “Synthesis, biological evaluation and molecular docking studies of bis-chalcone derivatives as xanthine oxidase inhibitors and anticancer agents”, accepted, Bioorganic Chemistry (July 2019)

- Sarı S., Kart D., Sabuncuoğlu S., Doğan İ.S., Özdemir Z., Bozbey İ., Gencel M., Essiz Ş., Reynisson J., Karakurt A., Saraç S., Dalkara S. “Antifungal screening and in silico mechanistic studies of an in-house azole library”,  Chemical Biology & Drug Design, 2019 July 01; DOI: 10.1111/cbdd.13587

- Ayan M. and Essiz S. “The neural γ2α1β2α1β2 gamma amino butyric acid ion channel receptor: structural analysis of the effects of the ivermectin molecule and disulfide bridges”, Journal of Molecular Modeling. Volume 24 (206), (2018) https://rdcu.be/2023

- Doğan İ.S., Saraç S., Sari S., Eşsiz Gökhan Ş., Vural İ., Dalkara S., New azole derivatives showing antimicrobial effects and their mechanism of antifungal activity by molecular modeling studies.Eur J Med Chem. Volume 130, 21 April 2017, Pages 124–138 (2017)

- Bennion B.J.*, Essiz S.G.*Lau E.Y, Fattebert,J.C., Emigh A. , Lightstone, F.C, A wrench in the works of human acetylcholinesterase: soman induced conformational changes revealed by molecular dynamics simulations, * equally contributed. PLoS ONE 10 (4), (2015)

- Koziol L., Essiz S.G., Wong S, Lau E.Y., Valdez C., Satcher J.H., Aines R.D., Lightstone F.Computational analysis of a Zn-bound tris(imidazolyl) calix[6]arene aqua complex: toward incorporating the second-coordination sphere into carbonic anhydrase biomimetics”. J. Chem. Theory Comput., 9, 1320 (2013)

- Essiz S. G. and R. D. Coalson, “Dynamical Linear Response Theory for Conformational Relaxation of Proteins”. J. Phys. Chem. B, 113, 10859 (2009)

- Essiz S. G. and R. D. Coalson, “Langevin dynamics of molecules with internal rigid fragments in the harmonic regime”. J. Chem. Phys. 127, 104109 (2007)

- Essiz, S. and R.D. Coalson, “A rigid-body Newtonian propagation scheme based on instantaneous decomposition into rotation and translation blocks”. J. Chem. Phys. 124, 144116 (2006).

- Essiz S. and E. Yurtsever, A coarse-graining approach in molecular simulations: Fuzzy   Potentials. The Bulletin of Istanbul Technical University. 53, p.41-44 (2003)


Yönetilen Tezler

Meral Ayan. Yüksek Lisans Tezi. “Structural Study of GABA Type A Receptor: The Effect on Intrasubunit Disulphide Bridges on Dynamics”. (2014)

Fatma Alnemsi. Yüksek Lisans Tezi. “Docking Study of Resveratrol like Molecules on Histone Deacetylase VIII”. (2016)

Ayhan Demir. Yüksek Lisans Tezi.HOMOLOGY MODELING AND NORMAL MODE ANALYSIS OF HUMAN NR1-NR2A NMDA TYPE RECEPTORS. (2017)

Muhammed Aktolun. Yüksek Lisans Tezi. “LOOP MODELING AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS OF APO AND LIGAND-BOUND HUMAN GLUN1-GLUN2A NMDA TYPE RECEPTORS”. (2017)

Melis Gencel. Yüksek Lisans Tezi. “Structural Studies of NMDA Receptor and Xanthine Oxidase Enzyme”. (2019)


Ödüller:

- Workshop Travel Award, University Of Pittsburgh,(2006, 2008)
- Univ. of Pittsburgh, Doktora ve araştırma görevlisi bursu (2002-2008)
- Werner von-Siemens Ödülü, Kimya Bölüm Birincisi, Koç Üniversitesi (2002)
- Vehbi Koç Onur Listesi (2000-2002)


Üyelikler:

- Biophysical Society
- American Chemical Society