bahar2

Yrd. Doç. Dr. Hatice Bahar ŞAHİN


İletişim:

Tel:            0212 533 6532 / 1424
e-mail:      hbahar.sahin@khas.edu.tr


Eğitim:

bilkent Lisans:
Bilkent Üniversitesi Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü (2005)
igbmc Doktora: Louis Pasteur Univesitesi / IGBMC – Gelişim Biyolojisi (2009)
Danışman: Prof. Angela Giangrade

Akademik Deneyim:

bogazici Doktora Sonrası: Boğaziçi Üniversitesi – Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü (2011-2013)
Danışman: Doç. Dr. Arzu Çelik
kadir has Yrd. Doç. Dr.: Kadir Has Üniversitesi Biyoinformatik ve Genetik Bölümü (2013 – halen)

Ödüller:

- Poster 3.lük ödülü. 54th GSA Annual Drosophila Research Conferences. Washington, ABD (2013)
- FRM “Fin de thèse” doktora bursu (2009)
- INSERM/Region Alsace doktora bursu (20062008)
- Bilkent Üniversitesi Şeref/Yüksek Şeref listesi
- Bilkent Üniversitesi tam eğitim bursu (20002005)


Verdiği Dersler

Lisans:
CH 101
Kimya
BIO 102
Biyoloji
BIO 301 Genetik I (+ lab)
BIO 302 Genetik II (+ lab)
BIO 305 Biyokimya I
BIO 308 Nörobiyoloji
BIO 403 Genetikteki Son Gelişmeler
KHAS101 Origins and Consequences / Evrim

Lisansüstü:
BIO 531
Temel Hücre Biyolojisi
BIO 588 Sistem Biyolojisi
BIO 631 İleri Hücre Biyolojisi
BIO 688 Hesaplamalı Sistem Biyolojisi
GSE 598 Seminer


Araştırma konuları

Araştırmalarımda, sinir sistemi gelişimini inceliyorum. Sinir sistemi, gezegenimizde evrimleşmiş en girift ve en karmaşık sistemdir. Bu sistemin oluşumuna ve işleyişine dair pek çok soru yanıt bekliyor. Bilim hayatımda, ilk dönem sinapsların olgunlaşmasını çalıştım; şimdi ise sinir hücrelerinin özelleşmesini çalışıyorum.
Hem omurgalılarda, hem omurgasızlar, sinir hücreleri özelleşmemiş bir grup hücrenin içinden (ektoderm, epiderm vs.) özelleşirler. Sinir hücresi kimliğini kazanmak (nörogenesis), hem hücre içinde, hem hücreler arsı pek çok mekanizmanın çalışmasını gerektirir. Sinir oluşumu, hücre-hücre etkileşimi, gen ifadesi profilinde ayarlama, hücre göçü ve hücre morfolojisinde değişim gerektiren, oldukça karmaşık bir süreçtir.
Drosophila melanogaster (sirke sineği), metamorfoza giren larvada hücre özelleşmesini doğrudan görebildiğimiz ve doğrudan çalışabildiğimiz için, sinir oluşumunu gözlemlemek için en ideal modellerden biridir.

adult eye

Drosophila erişkin ve larval göz.

Bunun yanında, Drosophila’nın birleşik göz yapısında 800 kadar, 19 hücreden oluşmuş kamera benzeri yapı bulunmaktadır; kendini yüzlerce kez tekrar eden bu yapı, fenotipleri ayrıntılı biçimde incelememize izin verir. Drosophila’nın sofistike genetik mühendisliği araçlarını kullanarak zorlayıcı deneyleri sinekte yapabiliriz. Gen işlevlerini anlamak için, genetik kombinasyonları kurarak, dokuları, dokuların bir kısmını, hücre gruplarını veya tek tek hücreleri hedef alabiliriz. Bu, düzenekler başka hiç bir modelde gerçekleştiremeyeceğimiz bilgiler elde etmemizi sağlar.

Son projemde, AMPK ailesinden iki genin SIK2 an SIK3’ün Drosophila’da karakterizasyonunu amaçlarım. Genetik arka plana müdahale edebilmek için SIK2 ve SIK3 için null mutant ve aşırı ifade sinek hatlarını yarattık; SIK genlerini, proteinlerini hücre içinde takip edebilmek için, floresan kuyruklarla işaretledik.

sik2

 SIK2 ifade örüntüsü (yayınlanmamış veri)

İlginçtir ki, SIK genlerinin sirke sineğinde aynı zamanda tümör oluşumuna sebep olduğunu gördük. Yakın zamanda, genomik veri tabanlarında biyoinformatik çalışmalar SIK’lerin bir kaç kanser tipi ile bağlantılı olduğunu gösterdi. Hatta SIK3 yumurtalık kanseri için biomarker (işaret) olarak kullanılmaya başlandı. Yukarıdaki ilksel bilgiyi kullanarak, SIK’lerin hücre içi moleküler ağlarda ve moleküler mekanizmalarda nerede bulunduğunu anlamaya çalışıyoruz.

tumor

 Sinekte tümör oluşumu örneği

Anahtar kelimeler: Gelişim Biyolojisi, Sinir Gelişimi, Drosophila melanogaster, Hücre Biyolojisi, Genetik


Güncel Projeler

tubitak TÜBİTAK 2218 Doktora sonrası araştırma bursu. “SIK3 Geninin Canlı Gelişimde ve Kanser Oluşumundaki Rolü”. Araştırmacı. (2011-2013)
bogazici BAP 10B01P12 “SIK3 Geni Rolünün Sirke Sineği Modelinde Belirlenmesi”. Araştırmacı (2011-2013)

Güncel Yayınlar:

Şahin HB, Sayın S, Buğra K, Çelik A. “Salt Inducible Kinases as Novel Notch Interactors in the Developing Drosophila RetinaBioRxiv. (2019)

- Bekpen C, Baker C, Hebert MD, Sahin HB, Johnson ME, Celik A, Mullikin JC, NISC Comparative Sequencing Program, Eichler EE. “Functional Characterization of the Morpheus Gene FamilyBioRxiv. (2017)

-  Abekhoukh S, Sahin HB, Grossi M, Zongaro S, Madrigal I, Kazue-Sugioka D, Raas-Rothschild A, Doulazmi M, Carrera P, Stachon A, Scherer S, Drula Do Nascimento MR, Arroyo I, Peter S, Smith IM, Milà M, Smith AC, Giangrande A, Caillé I, Bardoni B. “New Insights into the Regulatory Function of CYFIP1 in the Context of WAVE- and FMRP-Containing Complexes” Disease Models & Mechanisms (2017)

- Sahin HB, Karatas OF, Specchia V, Tommaso SD, Diebold C, Bozzetti MP, Giangrande A.”Novel Mutants of the Aubergine Gene.” Fly (Austin). 2016 Apr 11:0.

- Bozzetti MP, Specchia V, Cattenoz P, Laneve P, Geusa A, Sahin HB, Di Tommaso S, Friscini A, Massari S, Diebold C, Giangrande A. “The Drosophila Fragile X Mental Retardation Protein participates in the piRNA pathway.” Journal of Cell Science. 2015 Apr 23. pii: jcs.161810. (2015)

- Sahin HB, Celik. A. “Drosophila Eye Development and Photoreceptor Specification”. eLS. DOI: 10.1002/9780470015902.a0001147. March (2013)

- Galy A*, Schenck A*, Sahin HB*, Qurashi A, Sahel JA, Diebold C, Giangrande A. “CYFIP dependent actin remodeling controls specific aspects of Drosophila eye morphogenesis”. Developmental Biology, 2011 Nov 1;359(1):37-46. Epub Aug 22 (2011). İlk yazara ortak olarak

- Reeve S, Lin X, Sahin BH, Jiang F, Yao A, Liu Z, Zhi H, Li W, Broadie K, Giangrande A, Hassan B, Zhang Y. “Mutational analysis establishes a critical role for the N terminus of Fragile X mental retardation protein FMRP”. The Journal of Neuroscience, March 19, 2008, 28(12):3221–3226. (2008)

- Qurashi A, Sahin HB, Carrera P, Gautreau A, Schenck A, Giangrande A. “HSPC300 and its role in neuronal connectivity”. Neural Development 2007 2:18. 25 September (2007).